アプリはiOS Data Storage Guidelinesに従う必要があり、それらに従えない場合はリジェクトされます

これは技術的な問題ですね。
ガイドラインも変わったりしてるので、チェックしておきましょう。
→https://developer.apple.com/icloud/documentation/data-storage/index.html

AdobeAirで影響がでるようですが、こちらの記事を読んだほうが早い気がします。
→http://cuaoar.jp/2011/11/ios-air.html